Στο Υπουργείο Θαλάσσιων Υποθέσεων, Νήσων και Αλιείας ανήκουν ως σύνολο αρμοδιοτήτων, θέσεων και προσωπικού, με την επιφύλαξη των ειδικότερων ρυθμίσεων για το Λιμενικό Σώμα:
α) Η Γενική Γραμματεία Λιμένων και Λιμενικής Πολιτικής (αρθρ. 1 π.δ. 96/2010) με τις αρμοδιότητες που είχε προτού μεταφερθεί στο Υπουργείο Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας από το Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη με το άρθρο 1 του π.δ. 184/2009. Στην εν λόγω Γενική Γραμματεία ανήκουν οι πλοηγικοί σταθμοί ως περιφερειακές Υπηρεσίες της Πλοηγικής Υπηρεσίας και η εποπτεία των Λιμενικών Ταμείων (αρθρ. 1 π.δ. 362/1997).
β) Οι ακόλουθες υπηρεσίες του πρώην Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας, Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής, όπως αυτές προβλέπονται στο π.δ. 242/1999 (Α΄ 201) και έχουν αναδιαρθρωθεί έως την έναρξη ισχύος του παρόντος δ/τος: αα) Η Γενική Διεύθυνση Διοικητικής Υποστήριξης (αρθρ. 34 π.δ. 242/1999), στην οποία υπάγονται οι Διευθύνσεις Πολιτικού Προσωπικού (άρθρ.35 π.δ 242/1999), ΟργάΤο παρόν ΦΕΚ επανεκτυπώθηκε διότι εκ παραδρομής περιείχε απόφαση που αφορούσε άλλο τεύχος. νωσης (άρθρα 36 π.δ 242/1999 και 1 παρ. 4 π.δ.122/2005, Α΄ 180), Προμηθειών και Κτιριακών Εγκαταστάσεων (αρθρ. 37 π.δ 242/1999), Υποστήριξης Ασφαλιστικών Οργανισμών (αρθρ. 38 π.δ 242/1999) και Ποιότητας και Αποδοτικότητας (άρθρα 1 και 2 π.δ. 122/2005). ββ) Η Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών (αρθρ. 22 π.δ. 242/1999). γγ) Η Διεύθυνση Ναυτικής Εργασίας (αρθρ. 24 π.δ. 242/1999). δδ) Η Διεύθυνση Εκπαίδευσης Ναυτικών (αρθρ. 25 π.δ. 242/1999) και οι εξής εποπτευόμενες από τη Διεύθυνση αυτή Υπηρεσίες: Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.), Κέντρα Επιμόρφωσης Στελεχών Εμπορικού Ναυτικού (Κ.Ε.Σ.Ε.Ν.), Δημόσιες Σχολές Εμπορικού Ναυτικού (Δ.Σ.Ε.Ν.) και Σχολές Σωστικών Πυροσβεστικών Μέσων (Σ.Σ.Π.Μ.). εε) Η Διεύθυνση Ναυτιλιακής Πολιτικής και Ανάπτυξης (αρθρ. 19 π.δ. 242/1999). στστ) Η Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας (αρθρ. 21 π.δ. 242/1999), με την επιφύλαξη των στοιχείων ζζζ και ηηη της υποπερίπτωσης ββ της περίπτωσης β της παρ. 3 του παρόντος άρθρου και του ελέγχου των προϋποθέσεων ασφάλειας ναυσιπλοΐας σύμφωνα με τους διεθνείς κανονισμούς προς αποφυγή συγκρούσεων στη θάλασσα (βλ. π.δ. 93/1974, Α΄ 293) και τους εθνικούς και διεθνείς κανόνες, καθώς και τους κανόνες της Ευρωπαϊκής Ένωσης για την αξιοπλοΐα των πλοίων [Διεθνής Σύμβαση για την ασφάλεια της ανθρώπινης ζωής στη θάλασσα (SOLAS), που κυρώθηκε με το ν. 1045/1980, Α΄ 95, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει, Μνημόνιο Συνεννόησης για τον έλεγχο των πλοίων από το Κράτος του λιμένα κατάπλου αυτών (Paris MOU), βλ. π.δ. 88/1997, Α΄ 90, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει], ο οποίος ασκείται από το Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη. ζζ) Η Διεύθυνση Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος (αρθρ. 17 π.δ. 242/1999), με την επιφύλαξη του στοιχείου θθθ (περίπτωση β, υποπερίπτωση ββ) της παραγράφου 3 του παρόντος άρθρου ως προς τις αρμοδιότητες του Τμήματος Πρόληψης και Αντιμετώπισης Ρύπανσης, οι οποίες μεταφέρονται στο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη. ηη) Η Διεύθυνση Επιθεώρησης Πλοίων (αρθρ. 29 π.δ. 242/1999), εκτός από την αρμοδιότητα διενέργειας ελέγχου της ύπαρξης πιστοποιητικών και της νομιμότητας τους των πλοίων υπό ξένη ή ελληνική σημαία, κατά τα οριζόμενα στην εθνική και διεθνή νομοθεσία, αρμοδιότητα που μεταφέρεται στο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη (βλ. ιδίως υποπεριπτώσεις στστ και ζζ της περίπτ. στ της παρ. 3 αρθρ. 29 π.δ. 242/1999, όπως το άρθρο αυτό αντικαταστάθηκε με αρθρ. 1 π.δ. 6/2007, Α΄ 4). θθ) Η Διεύθυνση Κανονισμών και Εποπτείας Οργανισμών (αρθρ. 27 π.δ. 242/1999). ιι) Η Διεύθυνση Ελέγχου Διαχείρισης της Ασφάλειας Πλοίων και Λιμενικών Εγκαταστάσεων (αρθρ. 29 Α π.δ. 242/1999, που προστέθηκε με το άρθρο 4 π.δ. 48/2007), εκτός από τις αρμοδιότητες που αφορούν τον έλεγχο παραβίασης κανόνων ναυτικής ασφάλειας στα πλοία και τις λιμενικές εγκαταστάσεις σύμφωνα με το διεθνή κώδικα για την ασφάλεια των πλοίων και των λιμενικών εγκαταστάσεων (Κώδικα ISPS, βλ. π.δ. 56/2004, Α΄ 47) και τον διεθνή κώδικα ασφαλούς διαχείρισης (ISM Code, βλ. π.δ. 74/1996, Α΄ 58), αρμοδιότητες που μεταφέρονται στο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη. ιαια) Η Διεύθυνση Παλλαϊκής Άμυνας Πολιτικής Σχεδίασης Έκτακτης Ανάγκης (αρθρ. 39 π.δ. 242/1999), εκτός από το Τμήμα Σχεδίασης NATO. ιβιβ) Το Τμήμα Αλιείας της Διεύθυνσης Λιμενικής Αστυνομίας (αρθρ. 15 παρ. 3 περίπτ. γ΄ π.δ. 242/1999), με την επιφύλαξη της υποπερίπτ. ββ−εεε της περίπτ. β΄ του άρθρου 3 του παρόντος.
γ) Η Γενική Γραμματεία Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής.
δ) Η Γενική Διεύθυνση Αλιείας (αρθρ. 1 π.δ. 356/1990, Α΄ 143).
ε) Τα ακόλουθα Γραφεία: αα) Κοινοβουλευτικού Ελέγχου (αρθρ. 42 π.δ. 242/ 1999). ββ) Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης (περίπτ. Α παρ. 1 αρθρ. 41 π.δ. 242/1999, όπως το άρθρο αυτό αντικαταστάθηκε με αρθρ. 2 π.δ.232/2001, Α΄ 175).
γγ) Εθιμοτυπίας, Δημοσίων Σχέσεων, Πολιτιστικών Θεμάτων και Εκδηλώσεων (περίπτ. Β παρ. 1 αρθρ. 41 π.δ 242/1999, όπως το άρθρο αυτό αντικαταστάθηκε). δδ) Νομικού Συμβούλου του Κράτους (αρθρ. 1 παρ. 5 π.δ. 242/1999). εε) Παρέδρου Ελεγκτικού Συνεδρίου (αρθρ. 1 παρ. 5 π.δ. 242/1999). στ) Η Υπηρεσία Δημοσιονομικού Ελέγχου (αρθρ. 1 παρ. 5 π.δ. 242/1999).