Στον Υπουργό Εσωτερικών υπάγονται τα κάτωθι Αυτοτελή Τμήματα:
α. Αυτοτελές Τμήμα Νομοθετικής Πρωτοβουλίας και Κοινοβουλευτικού Ελέγχου, το οποίο είναι αρμόδιο για τα ακόλουθα θέματα:
αα. Τη συμμετοχή στο σχεδιασμό των νομοθετικών και κανονιστικών ρυθμίσεων αρμοδιότητας του Υπουργείου και την κατάρτιση νομοσχεδίων που αναθέτει ο Υπουργός στις καθ’ ύλην αρμόδιες υπηρεσιακές μονάδες.
αβ. Τη μέριμνα και παροχή της αναγκαίας τεχνογνωσίας για την τήρηση των αρχών καλής νομοθέτησης στις αρμόδιες καθ’ ύλη υπηρεσίες που αναλαμβάνουν την εκπόνηση ή την απλούστευση ρυθμίσεων.
αγ. Τη σύνταξη, σε συνεργασία με τις αρμόδιες καθ’ ύλη υπηρεσίες, της Ανάλυσης Συνεπειών Ρυθμίσεων, επισημαίνοντας ταυτόχρονα τις συναφείς νομοθετικές ή κανονιστικές ρυθμίσεις.
αδ. Την επισήμανση των νομοθετικών και κανονιστικών ρυθμίσεων του οικείου Υπουργείου που χρήζουν απλούστευσης, αναμόρφωσης, κωδικοποίησης ή επικαιροποίησης και την πρωτοβουλία για τις απαιτούμενες κωδικοποιήσεις.
αε. Τη σύνταξη, σε συνεργασία με τις αρμόδιες καθ’ ύλη υπηρεσίες, της έκθεσης αξιολόγησης αποτελεσμάτων εφαρμογής και την υποχρεωτική συμμετοχή στις νομοπαρασκευαστικές επιτροπές του Υπουργείου. αστ. Τη μέριμνα, σε συνεργασία με το Γραφείο Καλής Νομοθέτησης της Γενικής Γραμματείας της Κυβέρνησης, για τη διενέργεια κοινωνικού διαλόγου και διαβούλευσης με εκπροσώπους των κοινωνικών φορέων και ενδιαφερομένων ομάδων. αζ. Την επεξεργασία των αποστελλομένων από τη Βουλή ή από άλλα συνερωτώμενα Υπουργεία ερωτήσεων−αναφορών, επίκαιρων ερωτήσεων, αιτήσεων κατάθεσης εγγράφουν, επερωτήσεων κ.λπ. που απευθύνονται στον Υπουργό από τους Βουλευτές, τη μέριμνα για την έγγραφη απάντηση αυτών μέσα στις προβλεπόμενες προθεσμίες, σε συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσιακές μονάδες και την υποβολή του σχετικού σχεδίου στον Υπουργό. β. Αυτοτελές Τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σχέσεων, το οποίο είναι αρμόδιο για τα ακόλουθα θέματα: βα. Την οργάνωση διασκέψεων, συνεδρίων, συνόδων, επιτροπών στο πλαίσιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης και άλλων διεθνών οργανισμών. ββ. Την παρακολούθηση των εργασιών των υπουργικών διασκέψεων, της διάσκεψης των Τοπικών και Περιφερειακών Αρχών της Ευρώπης, διαφόρων επιτροπών και ομάδων εργασίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης και άλλων διεθνών οργανισμών, που επεξεργάζονται αντικείμενα αρμοδιότητας του Υπουργείου Εσωτερικών, καθώς και την εξασφάλιση συμμετοχής σε αυτές εκπροσώπων του Υπουργείου, των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων της χώρας και των Οργανισμών Τοπικής Αυτοδιοίκησης. βγ. Την παροχή οδηγιών για την επίσημη ελληνική θέση και τις θέσεις του Υπουργείου προς τις ελληνικές αντιπροσωπείες σε συζητούμενα θέματα. βδ. Την παρακολούθηση κατάρτισης και υλοποίησης σχετικών προγραμμάτων χρηματοδοτούμενων από διεθνή Ταμεία και Χρηματοδοτικά Όργανα, που εισηγούνται οι υπηρεσίες του υπουργείου Εσωτερικών ή άλλοι φορείς εποπτευόμενοι από αυτό.
βε. Τη συνεργασία με τις άλλες Διευθύνσεις του Υπουργείου στην επεξεργασία και εφαρμογή συμβάσεων, αποφάσεων, συστάσεων και μελετών διεθνών οργανισμών και διασκέψεων, σε αντικείμενα του Υπουργείου Εσωτερικών, καθώς και την εξασφάλιση της συνεργασίας με τις αρμόδιες σε αντικείμενα της Ευρωπαϊκής Ένωσης υπηρεσίες άλλων Υπουργείων και των Μονίμων Ελληνικών Αντιπροσωπειών. βστ. Την οργάνωση και λειτουργία Γραφείου Μεταφράσεων ξενόγλωσσων κειμένων στην ελληνική γλώσσα και αντίστροφα για τις ανάγκες του Υπουργείου γ. Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, η οποία είναι αρμόδια για τα ακόλουθα θέματα: γα. Την παροχή ελεγκτικών−συμβουλευτικών υπηρεσιών, όπως: γαα. τον έλεγχο επάρκειας του συστήματος εσωτερικού ελέγχου (internal control) του Υπουργείου και την εισήγηση σχετικών βελτιωτικών προτάσεων, γαβ. τον έλεγχο εφαρμογής των κανόνων δικαίου, τον έλεγχο της νομιμότητας και κανονικότητας των δαπανών (INTOSAI 3.4, INTOSAI 1.0.39 Ευρωπαϊκή κατευθυντήρια γραμμή εφαρμογής αριθ. 52), όπως και του εσωτερικού κανονιστικού πλαισίου λειτουργίας του Υπουργείου, γαγ. την αξιολόγηση της οικονομίας, της αποδοτικότητας και της αποτελεσματικότητας των δραστηριοτήτων του Υπουργείου (δηλαδή την αξιολόγηση της λειτουργίας του βάσει της αρχής της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης), γαδ. την αξιολόγηση του προγραμματισμού, του σχεδιασμού και της εκτέλεσης των λειτουργιών του Υπουργείου, γαε. τον έλεγχο της ορθής διενέργειας των δαπανών, της ορθής είσπραξης και εμφάνισης των εσόδων, της διαχείρισης της περιουσίας του Υπουργείου με την εξακρίβωση του ενεργητικού και παθητικού και του μισθολογικού κόστους, για τον εντοπισμό τυχόν φαινομένων κακοδιοίκησης και κακοδιαχείρισης, κατάχρησης, σπατάλης, απάτης και διαφθοράς και την αποτροπή τους στο μέλλον, γαστ. τον έλεγχο πληροφοριακών συστημάτων, προκειμένου να διαπιστωθεί κατά πόσον επιτυγχάνουν τους σκοπούς τους και εάν έχουν ενσωματωθεί σε αυτά επαρκείς ασφαλιστικές δικλείδες/μηχανισμοί ελέγχου, γαζ. τη διαβεβαίωση περί της ακρίβειας, της αξιοπιστίας κι της έγκαιρης προετοιμασίας των χρηματοοικονομικών (και λοιπών) αναφορών. γβ. Την παροχή διαβεβαίωσης περί της επάρκειας των συστημάτων διαχείρισης ελέγχου του Υπουργείου. γγ. Τη διενέργεια τακτικού ελέγχου των παγίων προκαταβολών του Υπουργείου. γδ. Τη διενέργεια ένορκης διοικητικής εξέτασης σε περίπτωση απώλειας δικαιολογητικών πληρωμής δημόσιας δαπάνης πριν την έκδοση τίτλου πληρωμής.
γε. Την έρευνα της ύπαρξης αντικειμενικής αδυναμίας απόδοσης λογαριασμού χρηματικού εντάλματος προπληρωμής. γστ. Την επιβολή δημοσιονομικών διορθώσεων στις περιπτώσεις που εντοπισθούν μεμονωμένες ή συστημικές παρατυπίες σε υπηρεσίες του Υπουργείου ή σε εποπτευόμενους φορείς του, εφόσον οι φορείς αυτοί δεν διαθέτουν μονάδα εσωτερικού ελέγχου και την παρακολούθηση της εκτέλεσής τους. γζ. Τη διενέργεια οικονομικού και διαχειριστικού ελέγχου των δημοσίων υπολόγων και δημοσίων διαχειρίσεων που υπάγονται στο Υπουργείο.